Pada zaman dahulu sebelum tahun 1931 Banyubiru masih terpecah menjadi dua desa.Sejak era kepemimpinan Bapak SomoDiharjo yang bertempat tinggal di dusun Gadingan kemudian disatukan dan menjadi desa Banyubiru.Segala persoalan yang menyangkut pemerintahan dan lainnya ditangani dari kediaman kepala desa.dengan kata lain pada era itu rumah kepala desa adalah pusat pemerintahan.

Asal kata desa banyubiru sendiri Konon karena ditengah tengah desa di lewati sungai yang bening dan airnya berwarna biru,sehingga banyak orang yang datang ke desa tersebut sangat terpesona dengan air sungai yang bening dan biru tersebut.Hingga banyak orang yang berkata ’’ wah banyube biru ’’,Sejak itu orang mengenal desa ini sebagai desa yang banyubne biru,dan untuk memudahkan penyebutannya disebutlah Desa Banyubiru.

Adapun Kepala Desa  yang pernah menjabat :

Kepala Desa I     : Somo Diharjo                Tahun 1931 s/d 1971

Kepala Desa II    : Barzani                           Tahun 1971 s/d 1984

Kepala Desa III   : Sutaris                          Tahun 1984 s/d 2003

Kepala Desa IV   : Sri Haryati SPd            Tahun 2003 s/d 2013

Kepala Desa V     : Wintoro                      Tahun 2013 s/d 2018