Pada zaman sebelum tahun 1931 desa Banyubiru masih terbagi menjadi dua bagian. Sejak era kepemimpinan Bapak Somo Diharjo yang bertempat tinggal di dusun Gadingan kemudian disatukan dan menjadi desa Banyubiru. Segala persoalan yang menyangkut pemerintahan dan lainnya ditangani dari kediaman kepala desa.dengan kata lain pada era itu rumah kepala desa adalah pusat pemerintahan.
Asal kata desa banyubiru sendiri Konon karena ditengah tengah desa di lewati sungai yang bening dan airnya berwarna biru,sehingga banyak orang yang datang ke desa tersebut sangat terpesona dengan air sungai yang bening dan biru tersebut.Hingga banyak orang yang berkata ’’wah banyube biru’’. Sejak itu orang mengenal desa ini sebagai desa yang banyubne biru,dan untuk memudahkan penyebutannya disebutlah Desa Banyubiru.
Adapun Kepala Desa yang pernah menjabat :
Kepala Desa I : Somo Diharjo Tahun 1931 s/d 1971
Kepala Desa II : Barzani Tahun 1971 s/d 1984
Kepala Desa III : Sutaris Tahun 1984 s/d 2003
Kepala Desa IV : Sri Haryati SPd Tahun 2003 s/d 2013
Kepala Desa V : Wintoro Tahun 2013 s/d 2018